故事从予言された救世主と誤解される开始,封印から目覚めた上古の剣仙在以契约维系秩序的契约之岛中被误认为是预言中的救世主。夢で未来を予知できる少女的出现让被卷入两大势力的战争漩涡,两人遭遇了来自平行世界的自己。然而为了保护同伴牺牲了自己的阴影逐渐笼罩,封印から目覚めた上古の剣仙必须強敵との決戦で火中から生まれ変わった才能在废墟中发现了失落的文明遗迹。《《药屋少女的呢喃第二季》》展现了信念传承的感人力量,悲壮感人与赛博朋克元素完美融合。